上海申花足球俱乐部成立于1993年12月10日，是中国第一家完全脱离体委、足协等政府行政机制的职业足球俱乐部。俱乐部的第一任主教练徐根宝提出“抢逼围”的口号，力争改变传统的上海足球技术意识出色但身体拼抢吃亏的情况。1995年，这一举措获得了巨大的成功，申花取得了联赛十连胜，提前两轮夺得联赛冠军，并涌现出了范志毅、谢晖、祁宏、吴承瑛等一大批著名球星。

1997年，俱乐部为了改变球队的打法，开始坚持聘请外籍主教练，其中包括拉扎罗尼、伊利亚·佩特科维奇等曾带队参加世界杯决赛圈的主帅，以及获得过欧洲冠军杯的柳普科·彼德洛维奇。不过申花在此期间始终未能压倒当时中国足坛的霸主大连队，最终只获得了四个联赛亚军和一个足协杯。

2002年，俱乐部产权发生第一次重大变化以上海文广集团为首的六家上海大型国有企业接手俱乐部，重新聘请徐根宝出任主帅，并补充了杜威、于涛、孙祥等年轻球员。

2003年，申花以一分优势压倒国际，夺得了联赛改制前最后一届甲A联赛冠军。

2007年赛季开始前，另一支中超球队上海联城的投资人朱骏收购申花俱乐部，将两支球队合并，并将俱乐部更名为上海申花联盛足球俱乐部。

2008年赛季中段，贾秀全接替吴金贵成为执行教练。换帅后的球队打出了多场惊心动魄的比赛，既有两次0-2落后逆转取胜，又在最后一轮的联赛中，球队两次领先但却错失了取胜机会，最终与冠军失之交臂，获得了十五年内的第八个联赛亚军。

        赛季结束后，俱乐部宣布贾秀全将留任，并向全球招募技术总监和总经理，备战2009年联赛和亚洲冠军联赛。其中技术总监一职是第一次出现在中国足坛，最终由原埃因霍温技术总监荷兰前国脚法尔克斯担任。而俱乐部总经理则是2007赛季的前主教练乌拉圭人吉梅内斯，申花也成为中国足球历史上第一个聘任外籍总经理的俱乐部。

2009年，申花继续聘用贾秀全出任球队主教练。外援方面引进了白俄罗斯球员瓦切斯劳·赫莱布以及入选过澳大利亚国家队的马克.米利甘。可惜整个赛季球队战绩起伏不定，始终在8至4名之间徘徊。虽然联赛最后一轮申花在主场2：1战胜了长沙金德，可惜积分仍未能超越山东鲁能，最终只能屈居联赛第5，无缘下赛季亚冠赛事。

2010年，申花聘请了曾经带领克罗地亚闯入世界杯四强的名帅布拉泽维奇出任球队主帅。同时引进了吴曦、冯仁亮、宋博轩等一批年轻球员，着力打造一支年轻化的球队。在布帅的带领下，申花青年军整个赛季发挥出色。联赛上半段一度在积分榜上排名第一，最终在赛季结束时获得联赛第三名，并收获了2011赛季的亚冠资格。同时，申花阵中的外援前锋里亚斯科斯也以20粒进球收获了赛季最佳射手荣耀。

2011年，本土教练奚志康出任申花主教练，同时在球队建设上延续了上个赛季的思路，继续着力培养年轻球员。赛季初期依靠几名小将的出色发挥以及两名外援前锋的连续进球，申花一度占据联赛三甲。可惜随后宋博轩和邱添一先后遭遇严重伤病，球队也遭遇了连续多场不胜，战绩一路下滑。联赛中期申花聘用上赛季球队助教拜塞克出任主帅。联赛最后几轮申花重新找回状态，在主场先后绝杀杭州绿城和北京国安，最终以第11名结束2011赛季。